在我国，大多数慢性乙型肝炎患者感染乙型肝炎病毒是在婴幼儿时期感染，由于婴幼儿时期针对乙型肝炎病毒的免疫功能尚未发育建全，因此免疫系统不识别乙型肝炎病毒，而把它当成是自己本身的东西，允许它在人体内生存，这时期叫免疫耐受期;随着年龄增长，免疫系统逐渐建全，免疫细胞识别乙型肝炎病毒，并清除它，而乙型肝炎病毒存在于肝细胞内，诱导免疫细胞及其分泌的一些抗病毒物质破坏肝细胞，使病毒释放出来而消灭病毒，这时候由于肝细胞被破坏，转氨酶增高，这时期叫免疫清除期;但针对乙型肝炎病毒的特异性免疫功能个体差异较大，有些免疫功能强者，很快就能清除乙肝病毒，但有些并不十分强，因此在肝脏造成持续慢性炎症、纤维化，时间长了，部分患者恶化为肝硬化，甚至肝细胞癌。经过这段时间后，病毒被免疫功能抑制，使得病毒活动减弱或停止，这时临床上表现为HBsAg阳性、抗-HBe阳性、HBV DNA阴性，肝功能正常，这时叫非活动携带期(免疫控制期);但当免疫功能低下，如劳累生病、使用免疫抑制药物、化疗等时，免疫功能受抑制，病毒又活动，HBV DNA变阳性，这时叫再活动期。当然并不是每个人都有明显的四期经过，有的人可以两期重叠在一起，有的人没有某一期等等。
目前尚未有直接杀乙肝病毒的药物，消灭和清除病毒主要靠机体的免疫功能，抗病毒药物只是起到辅助作用，因此当机体免疫功能尚未识别并启动清除乙型肝炎病毒时(如免疫耐受期)，应用抗病毒治疗不合适，只有在进入免疫清除期时(如转氨酶异常，酒精、药物等引起的转氨酶异常除外)，是抗乙肝病毒治疗的最佳时机。北京大学第一医院感染疾病科曾争